El pronóstico de esta enfermedad es difícil de establecer, y depende de varios factores, como es el estadio del tumor, el tamaño, la cantidad de líquido pleural o ascitis que produce, el tipo de células malignas, de la situación de salud general y la edad del paciente.

Atendiendo a la forma de las células, el mesotelioma puede ser epitelial o fibroso. El primero suele tener un pronóstico más favorable. La forma epitelial es más difícil de diagnosticar y en ocasiones se confunden con tumores de otras localizaciones, por lo que es preciso realizar técnicas diagnósticas especiales, como por ejemplo toma de biopsia bajo toracoscopia.