El pronóstico del cáncer de hígado depende de su estadio, del daño en la función hepática y la presencia o no de cirrosis hepática. Es decir, el mejor pronóstico se da en pacientes con cáncer hepático en estadios iniciales, sin repercusión de la función hepática y sin cirrosis.

Los niveles de alfafetoproteína también tienen importancia pronóstica,  de forma inversamente proporcional.