El Comité evaluador en esta convocatoria estuvo compuesto por:

• D. Carlos López Otín, Catedrático y Jefe Departamento Bioquímica y Biología Molecular Facultad de Medicina, Universidad de Oviedo
• D. Felipe Calvo, Jefe del departamento de Oncología del  Hospital Gregorio Marañón, Madrid. 
• D. Joaquín Arribas, Investigador de la Fundació Institut de la Recerca de L´Hospital Universitario Vall d´Hebrón (FIR-HUVH), Barcelona.
• D. Manuel Hidalgo, Investigador y médico del Centro Oncológico Sydney Kimmel, Universidad John Hopkins, Baltimore, USA.
• D. Carlos Cordón Cardó, Director de la División de Patología Molecular de Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, Nueva York, USA.
• Dª Isabel Oriol, Directora General de la Fundación, que actuó como secretaria de la reunión.

Tras la convocatoria pública de Proyectos de Investigación 2006, se recibieron y recepcionaron todos los proyectos. Posteriormente, los 60 proyectos aceptados en concurso  fueron evaluados por cada miembro del Comité, siguiendo el proceso de selección propuesto por la Fundación. Elaboraron una lista de proyectos preseleccionados de entre los que se seleccionaron los adjudicatarios.